Cours Python Programmation Bioinformatique PDF

Introduction à Cours de Python

Cours de Python est un guide complet conçu pour initier les débutants à la programmation avec le langage Python. Ce cours, développé par l'Université Paris Diderot - Paris 7, est particulièrement adapté aux étudiants en biologie et biochimie, mais reste accessible à toute personne souhaitant apprendre Python dans un contexte scientifique ou général.

Basé sur la version 3 de Python, désormais standard, ce document fournit une progression structurée allant des bases de la programmation aux concepts avancés, incluant la création de modules et l'utilisation de bibliothèques essentielles.

Ce que vous allez apprendre

• Configurer votre environnement Python et exécuter des scripts sous différentes plateformes.
• Créer et manipuler des variables, types de données et structures de contrôle comme les boucles et tests.
• Analyser et manipuler des chaînes de caractères, listes, dictionnaires et fichiers.
• Mettre en place vos propres fonctions et modules pour structurer et réutiliser votre code.
• Utiliser des modules Python d'intérêt pour étendre les fonctionnalités de vos programmes.

Prérequis

• Niveau débutant en programmation, aucune expérience préalable en Python requise.
• Accès à un ordinateur avec un interpréteur Python 3 installé, recommandé sous environnement Linux mais compatible Windows et Mac.
• Éditeur de texte simple pour écrire et modifier des scripts Python (gedit, geany, ou équivalents).

Aperçu des modules

• Introduction à Python: histoire, installation, premiers programmes, commentaires et indentation.
• Variables et types de données: manipulation des nombres, chaînes et conversions.
• Contrôle de flux: tests conditionnels, boucles, gestion des erreurs.
• Fonctions: définition, arguments, valeurs retournées et portée.
• Structures de données: listes, tuples, dictionnaires et ensembles.
• Gestion des fichiers: lecture, écriture et manipulation des données externes.
• Modules: création, utilisation, documentation avec docstrings et importation.
• Autres modules d'intérêt: exploration de bibliothèques intégrées pour étendre les capacités de Python.

Applications pratiques

Ce cours de Python s'adapte à plusieurs usages concrets dans le domaine scientifique et informatique. Il permet, par exemple, de:

• Automatiser le traitement et l'analyse de données biologiques, facilitant la manipulation de fichiers et la réalisation de calculs statistiques.
• Créer des scripts sur mesure pour la bioinformatique, grâce à des modules spécialisés comme NumPy ou Biopython, abordés dans les chapitres avancés.
• Développer des outils de visualisation graphique simples, bénéfiques pour exploiter et représenter des jeux de données expérimentales.

Pour qui ce PDF?

Ce document s'adresse principalement aux étudiants et chercheurs en biologie, biochimie ou disciplines connexes souhaitant acquérir une maîtrise progressive de Python. Il est aussi adapté aux débutants motivés par la programmation scientifique, désirant comprendre les bases avant d'aborder des applications plus complexes.

Questions fréquentes

À quel public s'adresse ce cours Python de l'Université Paris Diderot?

Ce cours est conçu principalement pour des étudiants débutants en programmation Python des filières de biologie et biochimie, notamment du master Biologie Informatique.

Quelle version de Python est utilisée dans ce cours?

Le cours est basé sur Python 3, la version standard recommandée, avec des références occasionnelles à Python 2 pour des différences importantes.

Quels types d'exercices sont proposés pour apprendre les expressions régulières dans ce cours?

Des exercices incluent la recherche de mots-clés dans des fichiers GenBank, le nettoyage d'espaces multiples, la suppression de doublons, et le comptage de gènes à l'aide de expressions régulières et scripts Python.

Mis à jour le 06/04/2026